Sediada em Sobral (CE), a unidade conta com oito laboratórios, uma fábrica para processamento de leite de cabra e derivados e uma biblioteca especializada em obras sobre a exploração de caprinos e ovinos em regiões tropicais. Promove pesquisas nas áreas de Reprodução Animal (Biotecnologia de Embriões, Tecnologia de Sêmen e Andrologia) Sanidade Animal (Parasitologia, Clínica Médica, Patologia Clínica, Anatomia Patológica e Imunologia), Manejo de Pastagens, Nutrição Animal, Melhoramento Genético,
Sócio-Economia e Tecnologia de Leite e Derivados. A Embrapa Caprinos e Ovinos conta ainda com dois núcleos regionais, um na região Centro-Oeste e outro na região Sudeste.
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